Penjaminan mutu dilakukan untuk memastikan bahwa proses bisnis di lingkungan FEB UNS terutama Prodi S1 Ekonomi Pembangunan berjalan sesuai dengan dokumen mutu baik yang telah ditetapkan oleh UNS maupun FEB UNS. Secara keseluruhan proses penjaminan mutu di tingkat fakultas dilakukan oleh Unit Penjaminan Mutu (UPM). Sementara itu, penjaminan mutu di tingkat Prodi S1 EP FEB UNS dilaksanakan oleh Kaprodi dan kepala laboratorium. Ada dua kepala laboratorium, yaitu: Kepala Laboratorium Ekspor-Impor dan Kepala Laboratorium Keuangan-Perbankan. Adapun rujukan pengelolaan program studi adalah mengacu pada Peraturan Rektor UNS Nomor 582/UN27/HK/2016 tentang Penyelenggaraan dan Pengelolaan Pendidikan Program Sarjana.
Prodi S1 EP FEB UNS telah menetapkan Renstra Prodi S1 EP sebagai dokumen rujukan pelaksanaan program kerja. Sementara itu, penjabaran detail tentang alur tahapan pelaksanaan program kerja mengacu pada SOP yang telah ditetapkan baik oleh UNS maupun FEB UNS. Selain itu, pelayanan atas pelaksanaan program kerja mengacu pada SPMI yang telah dirumuskan oleh LPPMP UNS.
